Eski adıyla Makedonya, eski Yugoslavya'da 1990'lı yılların başında meydana gelen siyasi ayaklanma ve çatışmalar sonucunda bağımsızlığını ilan etti.
Kuzey Makedonya'da 8 Eylül 1991'de bağımsızlık referandumu düzenlendi. Referanduma katılanların yüzde 95,3'ü ülkenin bağımsızlığı yönünde oy kullandı.
Ardından başta Türkiye olmak üzere pek çok ülke, o dönemki adıyla Makedonya'nın bağımsızlığını tanıdı.
İlk Cumhurbaşkanı Kiro Gligorov olan ülkenin kendi para birimi 26 Nisan 1992'de piyasaya sürüldü, aynı yıl ağustosta da ordu kuruldu.
Birleşmiş Milletler (BM) Genel Kurulunda 8 Nisan 1993'te yapılan oylamada oy birliğiyle BM üyeliğine kabul edilen Makedonya, güney komşusu Yunanistan'ın itirazı sonucu geçici referans olarak "Eski Yugoslavya Cumhuriyeti Makedonya" adıyla üyeliğe alındı.
Bağımsızlığını elde etmesinin hemen ardından Kuzey Makedonya, başta Avrupa Birliği (AB) ve NATO üyeliği olmak üzere bazı stratejik hedefler belirledi.
Uzun müzakereler sonucunda 2020'de NATO üyesi olan ülke, zaman zaman birçok engelle karşılaşsa da gelecek dönemde AB'ye tam üyeliği hedefliyor.
Makedonya'nın komşusu Yunanistan ile arasındaki isim sorununun çözüme kavuşturulması için müzakereler yıllarca kesintilere uğrasa da farklı zamanlarda devam etti.
BM arabuluculuğunda yapılan müzakerelerin ardından iki ülke arasında Haziran 2018'de Prespa Anlaşması imzalandı.
İsim sorununun çözümü ve stratejik partnerlik konularını içeren anlaşmaya göre, ülkenin adının "Kuzey Makedonya" olarak değiştirilmesi öngörülüyordu. Bu kapsamda Eylül 2018'de referandum yapıldı.