Eski Yugoslavya'dan 1991'de savaşmadan ayrılarak bağımsızlığını ilan eden, o dönemdeki adıyla Makedonya'da kabul edilen ilk anayasa, başta Arnavutlar olmak üzere, ülkedeki diğer azınlık gruplarının haklarına bazı kısıtlamalar getirdi.
Arnavutlar, ana dillerinde yüksek eğitim hakkı talep ederek 1994'te üniversitelerini kurdu, dönemin hükümeti tarafından desteklenmeyen bu hareket sonrası polis, üniversite binasını yıktı. Burada çıkan arbedede bir kişi hayatını kaybetti, çok sayıda kişi yaralandı.
Yerel yönetimlerde Arnavut bayrağının da kullanılması talebinde bulunan Arnavutlar, yoğun olarak yaşadıkları Gostivar ve Kalkandelen'deki belediye binalarına 1997'de kendi bayraklarını astı ancak hükümet yetkilileri, bunu yasa dışı ilan ederek bayrakları indirdi. Polisin müdahalesi, yeni gözaltılara ve ölümlere neden oldu.
Bir grup silahlı Arnavut'un ülkenin kuzeybatısındaki Kalkandelen şehrine bağlı Teartse köyündeki polis karakoluna 22 Ocak 2001'de düzenlediği, bir polisin hayatını kaybettiği, üç polisin yaralandığı saldırı, Ohri Çerçeve Anlaşması'na giden yolda iç karışıklıkları başlattı.
Saldırının sorumluluğunu, Ulusal Kurtuluş Ordusu (UÇK) adlı grup üstlenirken çatışmalar, bahar aylarında ülkenin diğer şehirlerinde farklı yoğunlukta devam etti.
NATO ile Avrupa Güvenlik ve İşbirliği Teşkilatı (AGİT) arabuluculuğunda 5 Temmuz'da genel ateşkes anlaşmasına varılmasına rağmen her iki taraf da birçok kez anlaşmayı ihlal etti.
Kimilerine göre "iç savaş" olarak nitelendirilen ve 22 Ocak-12 Kasım 2001'de çıkan olaylarda her iki taraftan da yüzlerce kişi hayatını kaybetti, on binlerce kişi yerlerinden edildi. Çatışmalar, ülkenin kuzey ve kuzeybatısındaki bölgelerin yanı sıra başkent Üsküp yakınlarında da devam etti.
Ülkedeki en büyük siyasi partiler, 13 Ağustos 2001'de AB ve ABD'nin özel temsilcilerinin bulunduğu taraflarla, iç karışıklıkları sona erdiren Ohri Çerçeve Anlaşması'nı ülkenin güneybatısındaki Ohri şehrinde yaklaşık iki ay süren müzakerelerin sonunda imzaladı.
Çatışmaları sona erdiren anlaşma, etnik Arnavutların ülkedeki haklarının artırılması için başlangıç noktası oldu.
Anlaşmada, Arnavutçanın resmi dil olmasının yanı sıra yerel yönetimlerin gelişimi, ayrımcılık yapılmaması, adil temsil, dil, kültür, eğitim ve semboller gibi konularda özel meclis prosedürlerinin uygulanması, eğitim ve kimlik gibi konular da yer aldı.